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食品和农产品的加工中，经常会遇到需对某些酶灭活处理的问题。例如从成熟谷粒轧制成的面粉，其α的活性很强，必须灭活处理。否则作出来的面包内部发韧，如用在其它方面（作粘接剂、加厚剂、填充剂）也是有问题的。欧洲国家生产小麦。因其α淀粉的活性特别强，更迫切需要使酶灭活，常用的方法是加热面粉至远高于64℃，这将导致面粉中水分丧失，还需要重新处理。但利用微波仅需加热几十秒，就能使酶的活性降低到允许的程度，还可杀死面粉中的大量微生物，又不影响面粉的主要特性。又如海参熟化，以往是海参需要不断熟化脱水发水，那海参的营养成分就散失的很厉害，现在只需要低温将海参做熟即可，微波杀菌是微波的热效应和生物效应共同作用的结果。微波对微生物的热效应是使蛋白质变性，导致微生物死亡；而微波对微生物的生物效应使微波电场改变了细胞膜断面的电径分布，影响了细胞膜周围电子和离子的浓度，从而改变了细胞膜的通透性能，使微生物生长发育受到抑制而死亡。此外足够强的微波电场可以导致做生物的DNA、RNA中的氢键松弛、断裂和重组。从而诱发遗传基因突变。由于微波杀菌利用了热效应和非热效应对生物的破坏作用，因此，其杀菌温度低于常规方法 现在对原味瓜子加工和煮瓜子加工分别进行讲解，原味瓜子是经过人工手选后将饱满的瓜子直接倒入料仓就可以进行加热熟化到所需的成品温度加工就行，通常是113度，温控显示温度，而煮瓜子是将煮好的卤味瓜子沥干水后将瓜子倒入料仓，微波干设备自动进料系统经过蛟龙提升机将瓜子送到进料仓然后通过料斗的狼牙棒转动将瓜子分拨到传输带上进入微波加热箱加热烘干脱水熟化并且膨化酥脆。微波设备加热是一种新型的加热方式。无污染，无能耗，不需要热传导，加热均匀，物料内外同时提温，干燥速度奇快，现在济南隆拓微波设备有限公司开发的微波设备具有自主开发的功能有自动调节转速，自动根据温度调节功率，自动结合温度调整加热时间，自动结合速度增加功率（比如我要加工瓜子，瓜子熟化温度是110度，当我设定好温度后，即使功率全开瓜子也不会温度增加到115度，因为115度后瓜子进入熟化焦糊状态，温度不够速度自动降低到温度上升到合格温度为止，所以我只需要设定好加工工艺后，转速会自动便快或者变慢达到满足温度要求）还适用于炒货领域大批量的各种干果类。如：核桃、板栗、杏仁、开心果、核桃仁、葵花子、西瓜子、南瓜子、无壳瓜子、花生、榛子、香榧、果仁等焙炒。